3.2. A excomunhão injusta
Uma espécie de excomunhão injusta existia (e sempre existiu) entre os judeus 1 e São João nos diz que os chefes judeus favoráveis a Jesus, não ousavam declarar ser Ele o Messias prometido, por medo de serem expulsos da Sinagoga, isto é, formalmente excluídos da comunidade dos crentes por decreto da autoridade 2.
Existe, portanto, a possibilidade de excomunhão infligida injustamente. As "excomunhões" que os fariseus incrédulos e perseguidores ameaçavam infligir aos discípulos de Nossos Senhor (ou se dispunham a fazê-lo), são um exemplo de excomunhão injusta "Expulsar-vos-ão das sinagogas. E tempo virá em que os que vos matarem, julgarão prestar homenagem a Deus. Eles vos tratarão assim porque não conheceram nem o Pai nem a Mim" (Jo 16,2).
Um outro exemplo famoso (de excomunhão injusta) é o da excomunhão de Savonarola, infligida por Alexandre VI 3.